W swoich działaniach Zespół wykorzystuje typowe metody i narzędzia analizy procesów w organizacji tj.:

- analiza danych zastanych (analiza regulacji prawnych oraz dokumentacji wewnętrznej UJ);

- badania ankietowe ( np. w celu pozyskania informacji na temat problemów w procesach realizowanych w Uczelni od pracowników, studentów i innych stron zainteresowanych, diagnozy uwarunkowań wdrażania zmian organizacyjnych, identyfikacji źródeł marnotrawstwa itp.);

- wywiady z pracownikami – specjalistami zaangażowanymi i/lub odpowiedzialnymi za planowanie, realizację, ocenę oraz doskonalenie procesów.

- metody oraz narzędzia diagnozowania, wizualizacji i projektowania procesów (np. mapy procesów, diagramy przepływu, schematy blokowe, SIPOC, mapy strumienia wartości i inne);

- metody oraz narzędzia identyfikacji przyczyn problemów w procesach (np. Diagram Ishikawy, Metoda Pareto, technika burzy mózgów itp.).

W pracach Zespół będzie również wykorzystywał różne narzędzia informatyczne tj. program VISIO, ADONIS itp.

Metodyka pracy Zespołu jest zbieżna z metodyką stosowaną w zarządzaniu jakością, Lean Management, Business Process Management  i innych koncepcja i metodach opartych na podejściu procesowym.